Die Nutzung des Brennstoffs Holzpellets ist im Gegensatz zum Einsatz fossiler Energieträger weitgehend CO2-neutral. Das bedeutet, dass bei der Verbrennung der Pellets die Menge an Kohlendioxid (CO2) freigesetzt wird, die der Baum zuvor beim Wachstum aufgenommen hat. Bei der Verbrennung von fossilen Energieträgern wird dagegen Kohlendioxid freigesetzt, das seit Millionen von Jahren gespeichert ist. Diese Freisetzung führt zu einer Erhöhung des CO2-Gehalts in unserer Atmosphäre und ist maßgeblich für den anthropogenen Treibhauseffekt verantwortlich.

Natürlich bezieht sich die CO2-Neutralität der Pellets lediglich auf den Verbrennungsprozess. Bei der Gewinnung, Aufbereitung und dem Transport der Pellets wird, wie bei allen anderen Energieträgern, ebenfalls CO2 freigesetzt, das zum Treibhauseffekt beiträgt. Die nachfolgende Graphik veranschaulicht aber, dass, einschließlich der sogenannten Vorketten, Holzbrennstoffe wenig Kohlendioxid emittieren.

Umweltverschmutzungen wie sie in Folge von Tankerunfällen und Lecks in Pipelines immer wieder auftreten, entfallen beim dem Gebrauch von Pellets. Auch die Gefahr von Explosionen und Grundwasserverunreinigungen beim Lagern ist im Vergleich zu fossilen Energieträgern deutlich geringer bzw. gar nicht gegeben.